Las causas de la EM permanecen desconocida hasta hoy. No obstante, se reconoce la existencia de factores genéticos, que si bien no son absolutamente determinantes, generan una predisposición a padecer la enfermedad. Parece claro que sobre esta predisposición genética uno o más factores ambientales podrían influir en el desarrollo de la EM.

A lo largo de los años varios factores ambientales han sido considerados "toxinas, virus, bacterias, tipos de alimentación" sin que hasta la fecha ninguno de ellos haya podido ser demostrado fehacientemente.

Si se ha podido demostrar que la EM está mediada por una reacción autoinmune, es decir un mecanismo de autoagresión en que el sistema inmunológico, normalmente encargado de defendernos de agresiones externas como infecciones, por razones aún no totalmente clarificadas genera una respuesta hacia estructuras del Sistema Nervioso como la mielina provocando su lesión y la aparición de los síntomas de la enfermedad.